實驗室通風系統設計是實驗室設計中的重中之重，也是實驗室建設成敗的關鍵因素。實驗室通風系統設計包含排風系統和補風系統兩方面。
實驗室通風系統的設計應根據《采暖通風與空氣調 節設計規范》GB50019-2003，《民用建筑供暖通風空氣調節設計規范》GB50736-2012等規范，排風系統則需要通過實際實驗室所需排風風量、管道長度、管道走向以及現場實際情況，依據流體力學進行綜合的分析計算，科學合理的設計排風系統，進而達到設計上實驗室的安全、舒適、節能等目的。
補風系統，則應根據實驗室類型的要求進行設計，以實現特定的實驗室對房間壓差的特定要求。一般理化實驗室要求保持微負壓(-5Pa—-10Pa)狀態;個別特殊的生物安全實驗室則有壓力梯度的要求，如標準的PCR實驗室四個功能區壓力就是要求遞減，試劑準備區(+5Pa)→樣品制備區(+0Pa)→基因擴增區(-5Pa)→產物分析區(-10Pa)。這樣的實驗室在設計時需要通過送排風的控制來實現。
